清掃料が委託先フォワーダーから荷受人に対して請求された。

これは、荷受人が支払うべきものですか?

この場合、日本側では、船社→乙仲→荷受人で支払い処理せざるをえず、
荷受人様からShipper様へ営業クレームという形での処理となります。